Consulta de Guías Docentes



Curso Académico: 2020/21

617 - Máster Universitario en Salud Global: Integración de la Salud Ambiental, Humana y Animal

66861 - Herramientas de diagnóstico y prevención avanzadas


Información del Plan Docente

Año académico:
2020/21
Asignatura:
66861 - Herramientas de diagnóstico y prevención avanzadas
Centro académico:
105 - Facultad de Veterinaria
Titulación:
617 - Máster Universitario en Salud Global: Integración de la Salud Ambiental, Humana y Animal
Créditos:
6.0
Curso:
1
Periodo de impartición:
Anual
Clase de asignatura:
Optativa
Materia:
---

1. Información Básica

1.1. Objetivos de la asignatura

La asignatura y sus resultados previstos responden a los siguientes planteamientos y objetivos:

El principal objetivo de la asignatura es el manejo y la integración de diversas técnicas moleculares, microbiológicas, anatomopatológicas y de imagen para su aplicación al diagnóstico y prevención de enfermedades. Las clases teóricas introducirán al alumno en las bases de las herramientas y sus aplicaciones. La teoría se intercalará con clases prácticas, donde se aplicarán estos conocimientos al diseño de nuevos diagnósticos o vacunas y a la interpretación de resultados. 

1.2. Contexto y sentido de la asignatura en la titulación

Esta asignatura se enmarca dentro del Máster Universitario en Salud Global: Integración de la Salud Ambiental, Humana y Animal. Este máster contempla una aproximación interdisciplinar al estudio de la salud, en esta aproximación se busca integrar herramientas epidemiológicas, ambientales y moleculares para comprender la dinámica de las enfermedades. Se trata de una asignatura optativa dentro de la especialidad de Investigación Traslacional que aporta conocimientos básicos e indispensables para utilizar, interpretar y diseñar las herramientas actuales de diagnóstico y prevención. Complementa a otras asignaturas de la especialidad como “Herramientas –ómicas en el estudio de la Salud” o “Modelos de investigación de la enfermedad”, y también aporta el conocimiento de las bases e interpretación de resultados de diagnóstico y prevención a estudiantes que busquen una formación más general en Salud.

1.3. Recomendaciones para cursar la asignatura

Es conveniente que el estudiante tenga conocimientos previos de Genética, Bioquímica y Microbiología.

2. Competencias y resultados de aprendizaje

2.1. Competencias

Al cursar esta asignatura el alumno alcanzará las siguientes competencias específicas:

  • Comprender y saber aplicar distintos métodos de diagnóstico microbiológico, molecular y anatomopatológico de la enfermedad.
  • Aplicar las normas y buenas prácticas de laboratorio a distintos métodos de diagnóstico.
  • Aplicar las técnicas avanzadas de diagnóstico por imagen en investigación y sus aplicaciones en salud humana y animal.
  • Entender las bases de la medicina personalizada.
  • Comprender los procesos que conlleva el desarrollo y producción de vacunas.

2.2. Resultados de aprendizaje

El estudiante, para superar esta asignatura, deberá demostrar los siguientes resultados:

  • Saber aplicar los métodos de identificación microbiológica habituales y avanzados, los de referencia y las normas ISO y de buenas prácticas para realizar un diagnóstico adecuado.
  • Comprender las nuevas herramientas de diagnóstico basadas en imagen o análisis molecular.
  • Entender el proceso de diseño y producción de vacunas.
  • Identificar nuevos métodos preventivos no vacunales.
  • Conocer la aplicación de las farmacogenómica en el tratamiento personalizado.

2.3. Importancia de los resultados de aprendizaje

La asignatura contempla el aprendizaje de las bases, diseño e interpretación de resultados de las herramientas más avanzadas de diagnóstico y prevención. Este aprendizaje es clave para un profesional de la Salud, tanto en su faceta más clínica para la interpretación de resultados, como en su faceta investigadora para el desarrollo de nuevos diagnósticos o vacunas. Además, las herramientas aprendidas pueden aplicarse a otros aspectos más básicos de la investigación en salud como el estudio de los mecanismos moleculares que subyacen a las patologías, el desarrollo de nuevos tratamientos o la medicina especializada.

3. Evaluación

3.1. Tipo de pruebas y su valor sobre la nota final y criterios de evaluación para cada prueba

El estudiante deberá demostrar que ha alcanzado los resultados de aprendizaje previstos mediante las siguientes actividades de evaluación:

ACTIVIDAD 1: PRUEBA ESCRITA PARA LA EVALUACIÓN TEÓRICA

Se realizará una prueba final escrita basada en la respuesta de 20 preguntas tipo test. En ella se evaluará la adquisición de conocimientos teóricos básicos de la asignatura.

La calificación de esta la prueba final escrita será entre 0 y 10 y supondrá el 30% de la nota final de la asignatura.

 

ACTIVIDAD 2: PRUEBA ESCRITA PARA LA EVALUACIÓN PRÁCTICA

Al finalizar cada una de las prácticas el alumno tendrá que rellenar un cuestionario en la que se evaluará si ha adquirido las competencias buscadas.  

La evaluación del conjunto de prácticas, será entre 0 y 10, supondrá el 20% de la nota final.

 

ACTIVIDAD 3: TRABAJOS TEÓRICOS y PROYECTOS ESCRITOS

Para superar esta actividad, el alumno deberá presentar al finalizar la asignatura un trabajo en el que realice una revisión bibliográfica de las distintas herramientas utilizadas en el diagnóstico y prevención de una enfermedad a su elección. El trabajo será evaluado por dos profesores de la asignatura.

La calificación de esta actividad será entre 0 y 10 supondrá el 30% de la nota final de la asignatura. Esta calificación tendrá en cuenta los siguientes aspectos:

  • Originalidad del trabajo (30%)
  • Conocimiento y comprensión demostrada de las metodologías descritas (30%)
  • Revisión bibliográfica: búsqueda, comprensión e interpretación (40%).

 

ACTIVIDAD 4: TRABAJOS SOBRE RESOLUCIÓN DE PROBLEMAS Y CASOS

Por grupos, los alumnos tendrán que demostrar su capacidad para interpretar resultados de distintas pruebas diagnósticas resolviendo un caso clínico determinado. Tendrán que justificar y razonar la resolución del mismo en un informe escrito que se presentará al finalizar la asignatura.

La calificación de esta actividad será entre 0 y 10 supondrá el 20% de la nota final de la asignatura.

Tanto para la realización de las pruebas escritas como para la entrega de los diversos trabajos se podrán utilizar las herramientas disponibles en el ADD de la Universidad de Zaragoza (Moodle, etc).

 

Tabla resumen de las actividades de evaluación y su reflejo en la calificación final del alumno:

 

Actividades de evaluación

Contenidos evaluados

% Calificación final

Prueba escrita 1

Clases teóricas

25 %

Prueba escrita 2

Clases prácticas

25 %

Trabajo teórico

Búsqueda autónoma de información y redacción de informes

30 %

Resolución de casos

Trabajo en grupo para la resolución de casos prácticos.

20%

Prueba global: El estudiante que no opte por la evaluación continua o que no supere la asignatura por este procedimiento, tendrá derecho a presentarse a una prueba global que consistirá en una prueba escrita que evalúe los contenidos teóricos y prácticos de la asignatura. Esta prueba tendrá una puntuación comprendida entre 0 y 10 puntos. Criterios de valoración: la prueba escrita supondrá el 100% de la calificación final y se realizará en el periodo oficial de exámenes de la Universidad de Zaragoza.

Sistema de calificaciones: de acuerdo con el Reglamento de Normas de Evaluación del Aprendizaje de la Universidad de Zaragoza (Acuerdo de Consejo de Gobierno de 22 de diciembre de 2010), los resultados obtenidos por el alumno se calificarán en función de la siguiente escala numérica de 0 a 10, con expresión de un decimal, a la que podrá añadirse su correspondiente calificación cualitativa:

0-4,9: Suspenso (SS).

5,0-6,9: Aprobado (AP).

7,0-8,9: Notable (NT).

9,0-10: Sobresaliente (SB).

 

La mención de «Matrícula de Honor» se otorgará entre los estudiantes que hayan obtenido una calificación superior a 9,0. Su número no podrá exceder del cinco por ciento de los estudiantes matriculados en el correspondiente curso académico.

4. Metodología, actividades de aprendizaje, programa y recursos

4.1. Presentación metodológica general

El proceso de aprendizaje que se ha diseñado para esta asignatura se basa en lo siguiente:

La asignatura está estructurada en 7 bloques temáticos que comprenden 15 temas teórico y 8 sesiones prácticas. Como resultado, se impartirán un total de 42 horas teóricas que incluirán, en la medida de lo posible, ejemplos prácticos. En estas clases, se les entregará a los alumnos casos para resolver aplicando los conocimientos teóricos. Se ha calculado que, para la preparación del examen teórico y la resolución de los casos, se necesitarán 58 h de trabajo no presencial del alumno.

El alumno cursará 16 horas de prácticas presenciales. Estas horas se han dividido en 8 sesiones prácticas con una duración variable en función de la temática de la misma. El alumno tendrá que responder un cuestionario al finalizar la práctica en el que se reflejará si ha adquirido las competencias buscadas.

Finalmente, el estudiante contará con 2 horas presenciales de Casos prácticos y tendrá que realizar trabajos docentes que le supondrá un trabajo autónomo de 30h.

 

Tabla resumen de la distribución horaria en las distintas actividades docentes

Actividad

Presenciales (h)

no presenciales (h)

Clase magistral

42

0

Resolución de problemas y casos

2

28

Clases prácticas

16

0

Trabajos docentes

0

30

Trabajo autónomo del estudiante

0

30

Pruebas de evaluación

2

0

 

4.2. Actividades de aprendizaje

El programa que se ofrece al estudiante para ayudarle a lograr los resultados previstos comprende las siguientes actividades...

Las clases magistrales participativas se impartirán en aula, si bien, alguna de ellas, por los contenidos que se abordan o por estar íntimamente relacionadas con sesiones prácticas, se realizarán en aula de informática. Antes del inicio de las mismas, se les facilitará a los alumnos, con tiempo suficiente, el material didáctico a utilizar. Las clases magistrales se realizarán en un único grupo.

La resolución de problemas y casos consistirá en la aplicación de los conceptos teórico-prácticos adquiridos a lo largo del curso en la resolución de un caso clínico real. Los alumnos trabajarán en grupo y presentarán la resolución del caso al finalizar la asignatura. 

Las clases prácticas se repartirán en 8 sesiones y tendrán una duración variable en función de su naturaleza. Estas sesiones se llevarán a cabo en el aula de informática, laboratorios docentes o sala de necropsias. En principio, esta actividad se realizará en un único grupo. Si el número de estudiantes fuera superior a 15, se desdoblarán en dos grupos.

Los trabajos docentes se realizarán de forma individual o en grupo. Para la realización de los mismos, el profesorado aportará la documentación necesaria y tutorizará a los alumnos en su realización.

El alumno necesitará realizar trabajo de forma autónoma para el estudio de los temas teóricos del curso, la búsqueda bibliográfica y preparación de trabajos.

Finalmente, se realizará una evaluación de los trabajos docentes por dos profesores, y de los contenidos teóricos mediante un examen escrito. Este será preparado y evaluado por los distintos profesores que participan en la asignatura.

4.3. Programa

CLASES TEÓRICAS:

BLOQUE I: INTRODUCCIÓN Y HERRAMIENTAS MOLECULARES BÁSICAS

Tema 0: Introducción. Presentación de la asignatura.

Tema 1: Herramientas basadas en la detección de ácidos nucleicos. PCR clásica. PCR cuantitativa o en Tiempo Real (qPCR). Aplicaciones de la qPCR en el diagnóstico microbiológico. PCR digital. Aplicaciones de la PCR digital. Amplificaciones de ácido nucleico no basados en la PCR. Métodos de hibridación sin amplificación.

Tema 2: Herramientas basadas en el análisis de proteínas. Herramientas basadas en el uso de anticuerpos (Western Blotting, ELISA, Inmunohistoquímica). Aplicaciones en el diagnóstico de enfermedades infecciosas. Técnicas específicas para el estudio y diagnóstico de priones: PMCA, RTQuick.

BLOQUE II: HERRAMIENTAS DE DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO

Tema 3: Diagnóstico fenotípico de microorganismos. Identificación microbiana por pruebas bioquímicas y fenotípicas. Procesos automatizados de identificación microbiana (sistemas API, Vitek)  

Tema 4: Diagnóstico genotípico de microorganismos. Identificación de especie: análisis de 16S-rRNA, ITS, otros genes. Identificación de cepa: MLST, ribotipado, secuenciación genómica. Malditoff.

Tema 5: Diagnóstico de microorganismos en tejidos. Identificación de lesiones asociadas a distintos microorganismos.  Técnicas rápidas de diagnóstico.

Tema 6: Epidemiología molecular. Metodologías utilizadas en Epidemiología molecular: PFGE, RFLP, MIRU-VNTR, MLST, WGS. Aplicación en diferentes enfermedades: Tuberculosis, COVID-19, infecciones nosocomiales, etc.

BLOQUE III: DIAGNÓSTICOS DE REFERENCIA

Tema 7: Regulación y Diagnósticos de referencia. Normas ISO: Acreditación métodos laboratoriales con PCR. Diagnósticos de referencia con PCR: GMO, especies, microorganismos Regulación de la OMS y OIE. Normas de Buenas Prácticas en laboratorio (Normativa ISO 17025)

BLOQUE IV: BIOMARCADORES Y MEDICINA PERSONALIZADA

Tema 8: Biomarcadores. Clasificación: según el estadio de la enfermedad, según la naturaleza de la molécula, según otros criterios. Biomarcadores en enfermedades infecciosas. Biomarcadores de otras enfermedades.

Tema 9: Medicina personalizada. ¿Qué es exactamente la Medicina Personalizada? Fuentes de Datos y Herramientas útiles en Medicina Personalizada. Ciencias Ómicas. Farmacogenómica: Conceptos sobre Farmacogenómica: Test farmacogenómicos aplicados en clínica y útiles en terapéutica. Farmacometabolómica.

BLOQUE VI: TRASLACIÓN A LA PRÁCTICA CLÍNICA

Tema 10: Traslación de los resultados de investigación.  Proyectos en colaboración con empresas para el traslado del conocimiento a la sociedad. Valorización de los resultados (Patentes y/o secreto industrial). Doctorado Industrial. Creación de empresas de base tecnológica. 

BLOQUE V: INGENIERÍA DE VACUNAS

Tema 11. Diseño de vacunas. Conceptos. Tipos de formulaciones vacunales. Generación de vacunas: métodos convencionales e ingeniería genética. Sistemas de entrega y adyuvantes.

Tema 12.  Investigación y Desarrollo de nuevas vacunas contra la tuberculosis. Caracterización molecular de las vacunas contra la tuberculosis mediante ómicas (lípidos, proteínas, NGS, ChIP-seq, etc), caracterización inmunológica en modelos animales.

Tema 13. Estrategias para la formulación vacunal. Conceptos. Herramientas nuevas y convencionales para la búsqueda de candidatos vacunales. Tecnología del LPS recombinante.

Tema 14. Seguridad vacunal. Reacciones locales y sistémicas. Fracaso vacunal. Valoración Riesgo-beneficio.

BLOQUE VI: OTRAS HERRAMIENTAS DE PREVENCIÓN y DIAGNÓSTICO POR IMAGEN

Tema 15: Alternativas no vacunales al uso de antibióticos. El papel de la microbiota, terapia de fagos, probióticos, prebióticos y simbióticos.

Tema 16: Diagnóstico por imagen. Introducción a la Imagen Molecular Preclínica y sus Aplicaciones en Investigación Biomédica. Modalidades de diagnóstico y seguimiento por imagen: Imagen nuclear (PET y SPECT). Tomografía Computerizada (CT). Ultrasonidos / Ecografo / Laser doppler. Resonancia Magnética Nuclear (RMN). Imagen Óptica (Fluorescencia / Bioluminiscencia).

 

CLASES PRÁCTICAS

Practica I. Diseño y análisis de resultados de qPCR

Duración estimada: 3 horas presenciales.

Espacio necesario: Aula de informática.

Contenidos: Uso de bases de datos y software on line. Diseño de primers y sondas. Análisis de resultados de expresión génica

Actividades que realiza el alumno:

  • Búsqueda de secuencias nucleotídicas en bases de datos
  • Utilización de software para el diseño de primers y sondas.
  • Utilización de software de análisis de experimentos de qPCR
  • Tratamiento de los resultados brutos de qPCR
  • Análisis de expresión diferencial utilizando datos reales.
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica.

 

Práctica II. Análisis proteico

Duración estimada: 2h presenciales.

Espacio necesario: Laboratorio de Biología Molecular del Centro de Investigación en Encefalopatías y Enfermedades Transmisibles Emergentes (CIEETE)

Contenidos: Western Blott, ELISA, PMCA

Actividades que realiza el alumno:

  • Preparación de las técnicas
  • Interpretación de resultados de las técnicas
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica

 

Práctica III. Diagnóstico fenotípico de microorganismos

Duración estimada: 2h presenciales.

Espacio necesario: Laboratorio de la Unidad de Microbiología e Inmunología

Contenidos: Identificación microbiana por pruebas bioquímicas y sistemas automatizados

Actividades que realiza el alumno:

  • Toma de muestras para realización aislamiento bacteriano y métodos de siembra.
  • Revisión de los medios de cultivo más adecuados según el patógeno de interés.
  • Interpretación de los resultados de los cultivos bacterianos.
  • Realización e interpretación de resultados mediante galerías API
  • Identificación bacteriana mediante métodos automatizados (Vitek)
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica

 

Práctica IV: Diagnóstico genotípico de microorganismos

Duración estimada: 1h presencial

Espacio necesario: Aula de informática

Contenidos: Uso de bases de datos para la identificación de microorganismos. Análisis de secuencias. Identificación de especie. Utilización de bases de datos para identificación de cepas dentro de una especie microbiana.

Actividades que realiza el alumno:

  • Identificación de especies bacterianas basado en el análisis de secuencias de DNA: 16S-rRNA, otros genes
  • Identificación de especies fúngicas basada en el análisis de secuencias de DNA.
  • Identificación de cepas dentro de una especie (Clostridium difficile) mediante MLST.
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica.

Observaciones: Esta práctica se realizará en combinación con las clases teóricas del Tema 4.

 

Práctica V: Diagnóstico Anatomopatológico I: Necropsias

Duración estimada: 2h presenciales

Espacio necesario: Sala de Necropsias de la Facultad de Veterinaria.

Contenidos: Necropsias diagnósticas.

Actividades que realiza el alumno:

  • Realización de necropsias diagnósticas.
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica

 

Práctica VI: Diagnóstico Anatomopatológico II: técnicas rápidas e histológicas

Duración estimada: 3h.

Espacio necesario: Laboratorios de Histología y Biología Molecular del CIEETE.

Contenidos: Preparaciones frescas para el diagnóstico rápido de microorganismos.

Actividades que realiza el alumno:

  • Realización de técnicas rápidas de diagnóstico.
  • Realización de técnicas histológicas.
  • Identificación de microorganismos mediante técnicas rápidas de diagnóstico
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica

 

Práctica VII: Diagnóstico Anatomopatológico III: Identificación microscópico

Duración estimada: 2h.

Espacio necesario: Sala de microscopía de la Unidad de Histología y Anatomía Patológica de la Facultad de Veterinaria.

Contenidos: Preparaciones histológicas con distintas lesiones asociadas a los microorganismos más importantes: Virus, Bacterias, Hongos, Parásitos y Priones. 

Actividades que realiza el alumno:

  • Identificación de microorganismos mediante análisis de preparaciones histológicas.
  • Prueba escrita: cuestionario de la práctica

 

Práctica VIII: Imagen molecular preclínica

Duración estimada: 1h presencial

Espacio: Laboratorios del SCT Imagen médica y Fenotipado.

Contenidos: Revisión in situ de algunos equipamientos de diagnóstico por imagen.

Actividades que realiza el alumno:

  • Visita a los Laboratorios del SCT Imagen médica y Fenotipado del CIBA
  • Visualización de equipamiento y resultados

 

 

PROBLEMAS Y CASOS

Resolución de Problemas y casos grupales:

Una vez finalizados los contenidos teórico prácticos para el diagnóstico microbiológico, se presentarán una serie de casos prácticos a los alumnos. Al finalizar el curso los alumnos deberán presentar en una sesión de 2h la resolución de estos casos. En principio, esta actividad se realizará en un único grupo. Si el número de estudiantes fuera superior a 15, se desdoblarán en dos grupos.

 

TRABAJOS DOCENTES

Trabajo individual: Pruebas diagnósticas para una enfermedad (Revisión Bibliográfica)

Cada alumno elegirá una enfermedad y sobre ella realizará una revisión bibliográfica en la que se recopilen las distintas herramientas utilizadas para su diagnóstico y prevención, explicando cada una de ellas y los resultados obtenidos con las mismas.

4.4. Planificación de las actividades de aprendizaje y calendario de fechas clave

Calendario de sesiones presenciales y presentación de trabajos

El calendario del máster y la programación de las sesiones teóricas y prácticas de la asignatura aparecerán a lo largo del mes de septiembre en la web de la Facultad de Veterinaria, en la siguiente dirección:

http://veterinaria.unizar.es/

Las fechas para la prueba de evaluación teórica se programará cada año en función de la programación del Máster Universitario en Salud Global y estarán disponibles para el alumno en el momento de realizar la matrícula. Los trabajos docentes se entregarán, como tarde, una semana después de finalizar las otras actividades docentes.

Coordinadora:
Inmaculada Martín Burriel                email: minma@unizar.es

Tutorías:

Los horarios de tutorías se fijarán el día de inicio de la asignatura en cada curso académico.

4.5. Bibliografía y recursos recomendados

Se actualizará en el ADD la bibliografía, presentaciones y recursos recomendados, y en la medida de lo posible, estarán a disposición antes de las sesiones teóricas y prácticas, para que el alumnado pueda consultarlas previamente y así favorecer la comprensión de las mismas y una participación más activa.


Curso Académico: 2020/21

617 -

66861 - Advanced tools for diagnosis and prevention


Información del Plan Docente

Academic Year:
2020/21
Subject:
66861 - Advanced tools for diagnosis and prevention
Faculty / School:
105 -
Degree:
617 -
ECTS:
6.0
Year:
1
Semester:
Annual
Subject Type:
Optional
Module:
---

1. General information

1.1. Aims of the course

The subject and its expected results respond to the following approaches and objectives:

The main goal of the course is the handling and integration of diverse molecular, microbiological, anatomopathological and imaging techniques for their application to the diagnosis and prevention of diseases. The theory sessions will introduce the student to the basics of the tools and their applications. The theory will be interspersed with practice sessions, where this knowledge will be applied to the design of new diagnostics or vaccines and to the interpretation of results

1.2. Context and importance of this course in the degree

This course is part of the University Master in One Health: Integration of Environmental, Human and Animal Health. This master contemplates an interdisciplinary approach to the study of health. This approach seeks to integrate epidemiological, environmental and molecular tools to understand the dynamics of diseases. It is an elective subject within the specialty of Translational Research that provides basic and indispensable knowledge to use, interpret and design the current tools of diagnosis and prevention. It complements other subjects in the specialty such as "Omics tools in the study of health" or "Experimental models of disease", and also provides knowledge of the bases and interpretation of diagnostic and prevention results to students seeking a more general training in health.

1.3. Recommendations to take this course

It is recommended that the student has previous knowledge of Genetics, Biochemistry and Microbiology.

2. Learning goals

2.1. Competences

By taking this course the student will achieve the following specific skills:

  • Understand and know how to apply different methods of microbiological, molecular and anatomopathological diagnosis of the disease.
  • Apply standards and good laboratory practice to different diagnostic methods.
  • Apply advanced imaging techniques in research and their applications in human and animal health.
  • Understand the basis of personalised medicine.
  • Understand the processes involved in the development and production of vaccines.

2.2. Learning goals

If students complete the course, they should be able to:

  • Know how to apply the usual and advanced microbiological identification methods, reference methods and ISO and good practice standards to make a proper diagnosis.
  • Understand the new diagnostic tools based on image or molecular analysis.
  • Understand the process of designing and producing vaccines.
  • Identify new non-vaccine preventive methods.
  • Understand the application of pharmacogenomics in personalized treatment.

2.3. Importance of learning goals

The course contemplates the learning of the bases, design and interpretation of the results of the most advanced diagnostic and prevention tools. This learning is key for a health professional, both in its more clinical aspect for the interpretation of results, and in its research aspect for the development of new diagnostics or vaccines. In addition, the tools learned can be applied to other more basic aspects of health research such as the study of the molecular mechanisms underlying pathologies, the development of new treatments or specialized medicine.

3. Assessment (1st and 2nd call)

3.1. Assessment tasks (description of tasks, marking system and assessment criteria)

The student must demonstrate that he/she has achieved the intended learning outcomes through the following assessment activities:

ACTIVITY 1: WRITTEN TEST FOR THE THEORETICAL EVALUATION

A final written test will be undertaken based on the answer to 20 multiple choice questions. It will evaluate the acquisition of basic theoretical knowledge of the subject.

The grade of this final written test will be between 0 and 10 and will represent 30% of the final grade of the course.

 

ACTIVITY 2: WRITTEN TEST FOR THE PRACTICE EVALUATION

At the end of each practice session, the student will have to fill out a questionnaire to assess whether he or she has acquired the skills wanted. 

The evaluation of the set of practices, will be between 0 and 10, will be 20% of the final mark. This evaluation can be carried out via telematics using tools available at the University of Zaragoza (Moodle, etc.).

 

ACTIVITY 3: THEORETICAL WORK AND WRITTEN PROJECTS

In order to pass this activity, the student will have to present, at the end of the course, a work in which he or she makes a bibliographic review of the different tools used in the diagnosis and prevention of a disease of his or her choice. The work will be evaluated by two teachers of the subject.

The grade for this activity will be between 0 and 10 and will represent 30% of the final grade of the course. This grade will take into account the following aspects:

  • Innovation of the work (30%)
  • Proven knowledge and understanding of the methodologies described (30%)
  • Bibliographic review: search, understanding and interpretation (40%).

 

ACTIVITY 4: WORK ON PROBLEM SOLVING AND CASES

By groups, students will have to demonstrate their ability to interpret results from different diagnostic tests by solving a given clinical case. They will have to justify and reason the resolution of the case in a written report that will be presented at the end of the course.

The grade for this activity will be between 0 and 10 and will represent 20% of the final grade of the course.

Summary table of the evaluation activities and their reflection in the student's final grade:

 

Assessment activities

Assessed contents

% Final grade

Written test 1

Theory session

25 %

Written test 2

Practice session

25 %

Theoretical work

Autonomous search for information and report writing

30 %

Case resolution

Group work for the resolution of practical cases.

20%

Global assessment: Students who have not chosen the continuous assessment or who have not passed the subject by this procedure will have the right to sit for a global assessment that will consist of a written test that assesses the theoretical and practical contents of the subject. This test will have a score between 0 and 10 points. Assessment criteria: the written test will suppose 100% of the final grade. The test will take place in the official exam period of the University of Zaragoza.

Grading system: in accordance with the Regulation of Learning Assessment Standards of the University of Zaragoza (Agreement of the Governing Council of 22 December 2010), the results obtained by the student will be graded according to the following numerical scale from 0 to 10, with the expression of one decimal place, to which the corresponding qualitative grade may be added:

0-4.9: FAIL.

5.0-6.9: PASS

7.0-8.9: GOOD (NT).

9.0-10: EXCELLENT (SB).

Students with a grade over 9.0 might be awarded with honours and it could be given to more than the 5% of the enrolled students during the academic year.

4. Methodology, learning tasks, syllabus and resources

4.1. Methodological overview

The learning process that has been designed for this subject is based on:

The course is structured in 7 thematic sections that include 15 theoretical topics and 8 practice sessions. As a result, a total of 42 hours of theory will be taught, including, as far as possible, practical examples. In these classes, students will be given cases to solve by applying the theoretical knowledge. It has been calculated that, for the preparation of the theoretical exam and the resolution of the cases, 58 hours of the student's autonomous  work will be required.

The student will take 16 hours of face-to-face practice sessions. These hours have been divided into 8 practice sessions with a variable duration depending on the subject matter. The student will have to answer a questionnaire at the end in which it will be reflected if he/she has acquired the skills wanted.

Finally, the student will have 2 hours of practical case studies and will have to do an assignment which will involve 30 hours of autonomous work.

4.2. Learning tasks

The syllabus offered to the student to help him/her achieve the expected results includes the following activities:

The participatory lectures will be given in the classroom, although some of them, because of the contents they address or because they are closely related to practical sessions, will be held in the computer room. Before the beginning of the classes, didactic material will be provided, with enough time, to be used by students. Lectures will be held in a single group.

Some assignments (Problem solving and case studies) will consist on the application of the theoretical and practical concepts acquired throughout the course in the resolution of a real clinical case. Students will work in groups and present the resolution of the case at the end of the course.

Practice sessions will be divided into 8 sessions and will have a variable duration depending on their nature. These sessions will take place in the computer room, teaching laboratories or necropsy room. In principle, this activity will be carried out in a single group. If the number of students exceeds 15, they will be divided into two groups.

The assignments will be done individually or in groups. The teachers will provide the necessary documentation and will tutor the students on their work.

The student will need to work independently to study the theoretical topics of the course, the bibliographic search and preparation of papers.

Finally, an evaluation of the assignment will be made by two teachers, and of the theoretical contents by means of a written exam. This will be prepared and evaluated by the different teachers participating in the subject.

 

Summary table of the time distribution in the different learning tasks

 

Activity

Face-to-face(h)

Off-site (h)

Lecture

42

0

Assignments

2

58

Practice sessions

16

0

Autonomous work

0

30

Assessment test

2

0

4.3. Syllabus

LECTURES:

The course will address the following topics:

SECTION I: INTRODUCTION AND BASIC MOLECULAR TOOLS

Topic 0: Introduction.

Topic 1: Tools based on the detection of nucleic acids. Classic PCR. Quantitative or Real Time PCR (qPCR). Applications of qPCR in microbiological diagnosis. Digital PCR. Digital PCR applications. Non-PCR based nucleic acid amplifications. Unamplified hybridization methods.

Topic 2: Tools based on protein analysis. Antibody-based tools (Western Blotting, ELISA, Immunohistochemistry). Applications in the diagnosis of infectious diseases. Specific techniques for the study and diagnosis of prions PMCA, RTQuick.

 

SECTION II: MICROBIOLOGICAL DIAGNOSTIC TOOLS

Topic 3: Phenotypic diagnosis of microorganisms. Microbial identification by biochemical and phenotypic tests. Automated microbial identification processes (API and Vitek systems)  

Topic 4: Genotypic diagnosis of microorganisms. Species identification: analysis of 16S-rRNA, STIs, other genes. Strain identification: MLST, ribotyping, genome sequencing. Malditoff.

Topic 5: Diagnosis of microorganisms in tissues. Identification of injuries associated with different microorganisms. Rapid diagnostic techniques.

Topic 6: Molecular epidemiology. Methodologies used in molecular epidemiology: PFGE, RFLP, MIRU-VNTR, MLST, WGS. Application on different diseases: Tuberculosis, COVID-19, nosocomial infections, etc.

 

SECTION III: REFERENCE DIAGNOSTICS

Topic 7: Regulation and Reference Diagnostics. ISO standards: Accreditation of laboratory methods with PCR. Reference diagnostics with PCR: GMO, species, microorganisms WHO and OIE regulation. Good Laboratory Practice Standards (ISO 17025)

 

SECTION IV: BIOMARKERS AND PERSONALIZED MEDICINE

Topic 8: Biomarkers. Classification: according to the stage of the disease, according to the nature of the molecule, according to other criteria. Biomarkers in infectious diseases. Biomarkers in other diseases.

Topic 9: Personalized medicine. What is exactly Personalized Medicine? Sources of useful data and tools in Personalized Medicine. Omic Sciences. Pharmacogenomics: Concepts on Pharmacogenomics: Pharmacogenomic: tests applied in clinical and useful in therapeutics. Pharmacometabolomics

 

SECTION VI: TRANSFER TO CLINICAL PRACTICE

Topic 10: Transfer of research results.  Projects in collaboration with companies for the transfer of knowledge to society Evaluation of results (Patents and/or industrial secrets). Industrial PhD. Creation of technology-based companies. 

 

SECTION V: VACCINE ENGINEERING

Topic 11. Vaccine design. Concepts. Types of vaccine formulations. Generation of vaccines: conventional methods and genetic engineering. Delivery systems and adjuvants.

Topic 12. Research and Development of new vaccines against tuberculosis. Molecular characterization of vaccines against tuberculosis by omics (lipids, proteins, NGS, ChIP-seq, etc.), immunological characterization in animal models.

Topic 13. Strategies for vaccine formulation. Concepts. New and conventional tools for the search of vaccination candidates. Recombinant LPS technology.

Topic 14. Vaccine safety. Local and systemic reactions. Vaccine failure. Risk-benefit assessment.

 

SECTION VI: OTHER PREVENTION and IMAGE DIAGNOSIS TOOLS

Topic 15: Non-vaccine alternatives to antibiotic use. The role of micro-biota, phage therapy, probiotics, prebiotics and symbiotics

Topic 16: Diagnosis image. Introduction to Preclinical Molecular Imaging and its Applications in Biomedical Research. Modalities of diagnosis and monitoring by image: Nuclear imaging (PET y SPECT). Computerized Tomography (CT). Ultrasound / Ultrasound Scanner / Laser doppler. Nuclear Magnetic Resonance (RMN). Optical Imaging (Fluorescence / Bioluminescence).

 

PRACTICE SESSIONS

 

Practice session I. Design and analysis of qPCR results

Estimated duration: 3 hours.

Room: Computer room.

Contents: Use of online databases and software. Design of primers and probes. Analysis of gene expression results

Activities carried out by the student:

  • Nucleotide sequence search in databases
  • Use of software for the design of primers and probes
  • Use of software for the analysis of qPCR experiments
  • Treatment of raw qPCR results
  • Differential expression analysis using real data.
  • Written test: practice questionnaire.

 

Practice session II. Protein analysis

Estimated duration: 2 hours.

Room: Molecular Biology Laboratory of the Research Centre for Transmissible Spongiform Encephalopathy and Emerging Animal Diseases (CIEETE)

Contents: Western Blott, ELISA, PMCA

Activities carried out by the student:

  • Preparation of the techniques
  • Interpretation of the results of the techniques
  • Written test: practice questionnaire

 

Practice session III. Phenotypic diagnosis of microorganisms

Estimated duration: 2 face to face hours.

Room: Microbiology and Immunology Unit Laboratory

Contents: Microbial identification by biochemical tests and automated systems

Activities carried out by the student:

  • Sampling for bacterial isolation and sowing methods
  • Review of the most suitable culture media according to the pathogen of interest.
  • Interpretation of the results of the bacterial cultures.
  • Performance and interpretation of results using API galleries
  • Bacterial identification by automated methods (Vitek)
  • Written test: practice questionnaire

 

Practice session IV: Genotypic diagnosis of microorganisms

Estimated duration: 1 face to face hour

Room: Computer room

Contents: Use of databases for the identification of microorganisms. Sequence analysis. Species identification. Use of databases for identification of strains within a microbial species.

Activities carried out by the student:

  • Identification of bacterial species based on DNA sequence analysis: 16S-rRNA, other genes
  • Fungal species identification based on DNA sequence analysis.
  • Identification of strains within a species (Clostridium difficile) by MLST.
  • Written test: practice questionnaire.

Comments: This practice will be done in combination with the theoretical classes of Topic 4.

 

Practice session V: Anatomopathologic Diagnosis I: Necropsies

Estimated duration: 2 face to face hours

Room: Necropsies Room of the Veterinary Faculty.

Contents: Diagnostic necropsies.

Activities carried out by the student:

  • Performing diagnostic necropsies.
  • Written test: practice questionnaire

 

Practice session VI: Anatomopathologic Diagnosis II: quick and histological techniques

Estimated duration: 3h.

Room: Laboratories of Histology and Molecular Biology of the CIEETE.

Contents: Fresh preparations for rapid diagnosis of micro-organisms.

Activities carried out by the student:

  • Performing rapid diagnostic techniques.
  • Performing histological techniques.
  • Identification of microorganisms using rapid diagnostic techniques
  • Written test: practice questionnaire

 

Practice session VII: Anatomopathologic Diagnosis III: Microscopic identification

Estimated duration: 2h.

Room: Microscopy room of the Histology and Pathological Anatomy Unit of the Veterinary Faculty.

Contents: Histological preparations with different lesions associated with the most important microorganisms: Viruses, Bacteria, Fungi, Parasites and Prions. 

Activities carried out by the student:

  • Identification of microorganisms by analysis of histological preparations.
  • Written test: practice questionnaire

 

Practice session VIII: Pre-clinical molecular imaging

Estimated duration: 1 face to face hour

Room: SCT Laboratories Medical Imaging and Phenotyping.

Contents: On-site review of some diagnostic imaging equipment.

Activities carried out by the student:

  • Visit to the SCT Laboratories Medical Imaging and Phenotyping at CIBA.
  • Equipment and results visualization.

 

PROBLEMS AND CASES

Problem solving and group cases:

Once the theoretical and practical contents for microbiological diagnosis have been completed, a series of case studies will be presented to students. At the end of the course students will have to present in a 2h session the resolution of these cases. In principle, this activity will be carried out in a single group. If the number of students is higher than 15, they will be divided into two groups

 

ASSIGNMENTS

Individual assignment: Diagnostic Tests for a Disease (Literature Review)

Each student will choose a disease and will carry out a bibliographic review on it, compiling the different tools used for its diagnosis and prevention, explaining each one of them and the results obtained.

4.4. Course planning and calendar

The timetable and the programming of the theory and practice sessions of the course will appear throughout the month of September on the website of the Faculty of Veterinary Medicine, at the following address:

http://veterinaria.unizar.es/

 

The information concerning the assessment dates will be scheduled every year and will be available to the student the first day of the course. Assessments will be delivered no later than one week after the completion of the other teaching tasks.

 

Coordinator:
Inmaculada Martín Burriel           email: minma@unizar.es

Tutorials:

Office hours will be set on the start day of the course in each academic year.

4.5. Bibliography and recommended resources

The bibliography, presentations and recommended resources will be updated in the ADD, and as far as possible, they will be available before the theoretical and practical sessions, so that the students can consult them previously and thus promote their understanding and more active participation.